Sådan beregnes logaritmen af sandsynlighed (LOD score)

LOD score, eller sandsynlighedslog, er en genetisk test anvendt i genetisk bindingsanalyse. LOD-score sammenligner sandsynligheden for at opnå testdata, hvis to loci ikke er bundet.

indhold

Trin

Metode 1når afkom er lille
Metode 2når afkommet er stort

Video: programming - computer science for business leaders 2016
Tips
Nødvendige materialer

trin

Der er to tilfælde i LOD score beregningen. Det hyppigste er, når du har et lille antal afkom. I dette tilfælde skal du bruge metoden under overskriften "Når afkommet er lille". Hvis afkom er lille og finde antallet af recomebinantes ikke rekombinant er den genetiske afstand mellem dem nøjagtigt gener (som er sjældne i human genetik) ved hjælp af den metode, med titlen "Når afkommet er stor."

Metode 1
Når afkom er lille

Billedbetegnelse Beregn LOD Score Trin 2

Antag en bestemt genetisk afstand mellem de to gener (mellem 0 og 0 og 50cM). Antag at det tager den genetiske afstand (r) som 0,1.

Billedbetegnelse Beregn LOD Score Trin 3

Antag at der er 13 individer, hvoraf 2 er rekombinante. Sandsynligheden for ikke-rekombination vil være 1-r = 1-0,1 = 0,9

Billedbetegnelse Beregn LOD Score Trin 4

Som du vil spore hver genotype, divideres med 2: (1-r) / 2 = 0,45. Sandsynligheden for rekombinanter vil være r / 2 = 0,1 / 2 = 0,05

Dataene sandsynligheden for, at begge gener er bundet er ((r / 2) ^ R) * (((1-r) / 2) ^ NR), hvor R = # af rekombinant og NR = # af ikke-rekombinanter. Derefter er sandsynligheden for data, hvis de to gener er bundet, ((0,45) ^ 11) * ((05) ^ 2)
Sandsynligheden for data, hvis de to gener ikke er bundet, er (0,25) ^ (R + NR) = (0,25) ^ 13
Nu chancens logaritme = (sandsynlighed for data, hvis de to gener er forbundet) / (sandsynlighed for data, hvis generne ikke er forbundet). Derefter chancer logaritmen = (((5) ^ 2) * ((0,45) ^ 11)) / ((0,25) ^ 13) = 25,7
OLOD score bliver log10 (25.7) = 1.41.

Billedbetegnelse Beregn LOD Score Trin 5

Gentag denne proces for 0, 0,01, 0,03, 0,05, 0,3 r 0,5.

Den højeste LOD score du får er dit korrekte svar. Den genetiske afstand, som det antages, er sandsynligvis tæt på den faktiske afstand mellem de to gener af interesse.

Metode 2
Når afkommet er stort

Billedbetegnelse Beregn LOD Score Trin 6

Opstil en stamtavle for to loci af interesse. Jo flere data du samler, desto bedre.

Billedbetegnelse Beregn LOD Score Trin 7

Bestem antallet af rekombinanter og antallet af ikke-rekombinanter. Antag for eksempel at alleller A1 og B1 på lokus 1 kommer fra en forælder, og A2 og B2 nolocus 2 kommer fra den anden forælder. Afkomene, der arver A1B1 eller A2B2, er ikke-rekombinante og at arve A1B2 eller A2B1 er rekombinant.

Billedbetegnelse Beregn LOD Score Trin 8

Beregn sandsynligheden for at opnå resultaterne, forudsat at de to loci er forbundet. Dette bestemmes af ((R / (R + NR)) ^ R) * ((1- (R / (R + NR))) ^ NR), hvor R = antal rekombinanter, NR = antal ikke-rekombinanter.

For eksempel er MNS, M og S i blodgruppesystemet forbundet, og N og s er bundet. Antag at i 100 tilfældige personer havde 25 MS haplotype, 30 havde MS haplotype, 6 havde NS haplotype og 39 havde Haplotype Ns. Som M og S er knyttet og N og s er knyttet, er MS og Ns ikke-rekombinant, og Ms og NS er rekombinant.
Antallet af rekombinanter er således R / (R + NR) = 36 / (36 + 64) = 0,36.
Sandsynligheden for at få resultaterne antagelse af, at de loci er forbundet er derfor ((0,36) ^ 36) * ((1- (0,36)) ^ 64) = 4,19187538 * 10 ^ -29.

Video: Programming - Computer Science for Business Leaders 2016

Billedbetegnelse Beregn LOD Score Trin 9

Beregn sandsynligheden for at opnå resultaterne, forudsat at de to loki ikke er bundet. Dette tilvejebringes af 0,5% (NR + R). I ovenstående eksempel er dette 0,5% (64 + 36) = 0,5 ^ 100 = 7,88860905 × 10 ^ -31.

Billedbetegnelse Beregn LOD Score Trin 10

Opdel sandsynligheden for at opnå resultaterne ved at antage, at de to loci er bundet (fra trin 3 ovenfor) ved sandsynligheden for at opnå resultater, forudsat at de to loki ikke er bundet (fra trin 4 ovenfor). For vores eksempel svarer dette til 4,19187538 * 10 ^ -29 / 7.88860905 × 10 ^ -31 = 53,14.

Billedbetegnelse Beregn LOD Score Trin 11

Grundlaget for algoritmen 10 af forholdet opnået ovenfor (Trin 5). For eksempel svarer dette til log 53.14 = 1.73.

tips

For LOD score tolkning, anses en LOD score større end 3.0 som bevis for sammenkobling. En LOD score på +3 angiver 1000 chancer for 1, at den observerede binding ikke forekommer tilfældigt. På den anden side betragtes en LOD-score på -2,0 som bevis for binding udelukkelse. I ovenstående eksempel med et LOD score på +1.73 foreslås linket, men ikke bekræftet. Det større antal datapunkter vil øge LOD score, hvis der er et link til analyse.